По возвращении в Вавилон в компании императрицы Каилины, Принц осознает, что его царство разорила война. Позже герой узнает о том, что женщина оказалась в эпицентре заговора. Гибель императрицы освоюлждает Пески Времени. Они, в свою очередь, угрожают исчезнуть всему, чем дорожит наследник престола. Выброшенный на улицу и преследуемый всеми, герой осознает, что им постепенно овладевает дух Темного Принца, который порожден Песками Времени.

Принц Персии возвращается с одной лишь целью. Теперь он выступит в роли посредника, палача и судьи в споре двух великих Богов. Но Принц не одинок в этом противостоянии. На его стороне Элика — хитрая и соблазнительная воительница, со своей историей и судьбой. Вместе наши герои должны будут распутать клубок интриг и остановить проклятие, которое было послано на земли Ариманом, богом Света.